公益赔偿金是公共利益遭受损害后，公益侵权人对公共利益损害补偿的重要货币化表现形式，也就是侵权人采取货币补偿的形式来弥补对公益造成的损害。公益赔偿金最终目的是将公益恢复到初始或者更优状态。但是由于公益修复的专业性、损害客体不特定性等因素影响，从公益赔偿金到公益修复需要通过一系列的环节才能实现。因此公益赔偿金管理成为直接影响公益损害修复程度的重要因素。

　　明确公益赔偿金来源。公益赔偿金的目的在于公益修复，为了更好地发挥其修复救济的功能，其来源包括法院判决、协议确认的赔偿金、自愿捐赠等。法院判决的公益赔偿金主要通过公益诉讼与生态损害赔偿诉讼产生，二者诉讼主体及依据不同。其中检察公益诉讼制度的确立，赋予检察机关公共利益代言人的身份，为公共利益提供强有力的保障。中央全面深化改革领导小组第三十八次会议审议通过的《生态环境损害赔偿制度改革方案》规定，经磋商达成的赔偿协议可以向人民法院申请司法确认。赔偿义务人不履行或不完全履行的，赔偿权利人及其指定的部门或机构可申请强制执行。另外，由于公益赔偿金修复受损公益的实质可以将自愿捐赠资金纳入其中共同管理。

　　合理公益赔偿金适用范畴。公益赔偿金适用范畴可以从时间节点上来区分，基本涵盖消除损害费用、公益修复费用、修复期内功能损失产生的费用及鉴定评估等。以生态环境损害赔偿金为例，包含清除污染、控制污染、应急处置费用，也包括鉴定、环境修复方案编制及效果评估等必要支出。而修复期内功能损失费用包括生态环境在修复期间内服务功能的损失补偿，如因环境损害造成被侵权人的财产损失等。

　　优选公益赔偿金管理方式。目前公益赔偿金的管理以三种形式为主，其一是上缴国库，由政府统一管理；其二是设立财政专户，由相关主管部门进行管理；其三是由专项基金或基金会管理。三种方式各有利弊，笔者认为可以择其优点去其弊端，采用以下方式：将公益赔偿金统一上缴国库，由政府统一管理，发挥政府在公益修复补偿方面管理主体责任及在修复方案、技术方面的优势，同时在国库账户中设置专门子账户，依托国库集中支付系统，以专款的形式拨付，实现相关职能部门专款专用，以专账形式核算，以更好实现公益赔偿金的目的。